Aktuální genetika
Multimediální učebnice lékařské biologie, genetiky a genomiky
Komentované odkazy
Než se budeme věnovat jednotlivým kategoriím odkazů a jejich stručnému popisu či komentáři, rádi bychom zmínili projekt, který stojí mimo následující kategorie a je svého druhu jedinečným počinem v rámci volného šíření on-line vzdělávacích materiálů - jedná se o projekt MIT's OpenCourseWare (http://ocw.mit.edu/OcwWeb/index.htm) renomovaného Massachusetts Institute of Technology, který na svých stránkách zcela zpřístupnil výukové materiály pro více než 1200 pregraduálních a postgraduálních kurzů sahajících od studia médií po jaderné inženýrství. V oboru biologie a genetiky jsou zpřístupněny písemné materiály užívané v kurzech, mnohdy pak i audio nebo videonahrávky celých přednášek od úvodu do biologie po specializovanou problematiku systémové biologie a funkční genomiky. Rovněž na stránkách MIT's OpenCourseWare nalezneme odkazy na podobné projekty z celého světa.
Bezpochyby hlavním zdrojem relevantních informací z oblasti genetiky a genomiky, ale i biomedicínských oborů obecně, je portál National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine - NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/). Zde je sdruženo bezpočet databází, ve kterých je možné vyhledávat buď jednotlivě, nebo ve všech najednou:
Obr. Výsledek vyhledání klíčového slova "apoA5" ve všech databázích NCBI najednou.
Bibliografické databáze
- ENTREZ PUBMED http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/ je patrně první server, na který zamířit, když potřebujete získat informace o publikovaných pracech na jakékoli biomedicínské téma. Součást NCBI.
- SCIRUS http://www.scirus.com je velice robustní vyhledávač informací z oblasti vědy, informace čerpá z více než 200 miliónů indexovaných stránek.
-
Biomed Central http://www.biomedcentral.com/ je tak trochu revolucí v publikování vědeckých informací. Nyní sdružuje více než 120 odborných biomedicínských časopisů. Vznikl jako protipól velkých nakladatelských domů a vymezil se několika zásadními aspekty:
- velká většina časopisů nemá přístup k článkům vázaný na předplatné (open access)
- časopisy ve své většině nemají tištěnou podobu, je samozřejmě možné on-line PDF soubory vytisknout
- při zachování principu peer review je urychlen proces od přijetí článku do jeho vystavení na naprosté minimum
- copyright si ponechávají autoři článku
Globální databáze genů
- NCBI ENTREZ GENE http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=gene - součást NCBI.
-
GENECARDS http://www.genecards.org/
GeneCards je databáze lidských genů, jejich produktů a významu pro lidská onemocnění. Automaticky jsou do "karty" genu přiřazována genomická, ranskriptomická a proteomická data, získaná z vnějších zdrojů. Podobně jsou automaticky generovány informace o souvisejících nemocech, účasti genu na farmakogenetických interakcích a komparativně genomická data. - GeneLynx http://www.genelynx.org/ je portál, který se zaměřil na geny člověka a dvou hlavních savčích modelových organismů, tedy myši a potkana.
Globální databáze proteinů
SWISS-PROT Protein Sequence Database http://www.expasy.org/sprot/
Data v databázi Swiss-Prot pochází z translace DNA sekvencí z databáze EMBL. Jedná se o velmi propracovanou databázi, která se snaží dosáhnout co nejmenší míry redundancea naopak co nejpodrobnějšího popisu anotovaných proteinů (funkce, struktura jednotlivých domén, post-translační modifikace atd.) a je propojena s řadou dalších databází shromažďujících biologická data, jako jsou EMBL, PROSITE nebo PDB.
Protein Databank (PDB) http://www.pdb.org/pdb/home/home.do
Informační portál k biologickým makromolekulárním strukturám" obsahuje celosvětovou "sbírku" struktur proteinů i jiných makromolekul, stanovených většinou pomocí rentgenové krystalografie nebo nukleární magnetické rezonance (NMR). Obecně je obtížné, ne-li nemožné, přesně předpovědět trojrozměrnou (3D) strukturu proteinu z primární struktury (sekvence aminokyselin) a proto se struktury stanovují experimentálně jedna po druhé. Přes mnohé technické i ekonomické překážky probíhá mnoho projektů zaměřených tímto směrem, neboť 3D struktura obvykle poskytuje velmi důležitý vhled do funkce bílkoviny.