Délka produktu PCR
Exon 6 genu RUNX2 (runt-related transcription factor 2) má následující sekvenci (ve směru 5´->3´):
>RUNX2_exon6
GGCACAGACAGAAGCTTGATGACTCTAAACCTAGTTTGTTCTCTGACCG
CCTCAGTGATTTAGGGCGCATTCCTCATCCCAGTATGAGAGTAGGTGTC
CCGCCTCAGAACCCACGGCCCTCCCTGAACTCTGCACCAAGTCCTTTTA
ATCCACAAGGACAGAGTCAGATTACAG
Provedeme PCR s primery (ve směru 5´- 3´):
| RUNX2_exon6_forward |
CGCATTCCTCATCCCAGTAT |
| RUNX2_exon6_reverse |
AAGGACTTGGTGCAGAGTTCA |
- Jaká je předpokládaná délka produktu PCR?
- Jakých metod lze použít k zjištění, zda došlo k amplifikaci, a jak ověřit skutečnou délku produktu?
Nápověda
- K vyhledávání řetězců lze použít poznámkový blok nebo jakýkoli jiný složitější editor textu (klávesová zkratka obvykle Ctrl+F); nezapomenout na dvojřetězcovou antiparalelní strukturu DNA
- Nástroj generující komplementární řetězce
Pokud použijete tento software, výchozí nastavení vrátí "reverse complement" což je komplementární řetězec v orientaci 5´-> 3´. Vůbec stojí za upozornění, že v databázích jsou všechny sekvence uváděny v této orientaci. Pokud chcete orientaci 3´->5´, např. pro spárování s kódujícím řetězcem, volte možnost "complement".